生物能源主要是指从秸秆、甘蔗、玉米以及畜牧业的废弃物中提取的能源，如甘蔗乙醇和生物柴油等。联合国贸发会议秘书长素帕猜曾表示，发展中国家推广生物燃料和替代能源，不仅可以促进能源来源的多样化，而且可以在当前国际能源价格剧烈变化的形势下实现自我保护。

塞内加尔是非洲生物能源开发最积极的倡导国之一。塞内加尔总统瓦德指出：“生物燃料将会在非洲大陆掀起一场新的革命。”为了表示对生物燃料的重视，瓦德建立了一个专门致力于生物燃料和可再生能源发展的政府机构。

全球生物燃料生产大国巴西已与塞内加尔签署生物能源合作协议，宣布巴西将帮助塞内加尔生产甘蔗乙醇和生物柴油。巴西总统卢拉说，生物燃料将帮助贫困国家增加就业机会和提高收入，并希望类似的合作协议能推广到非洲其他非石油生产国。塞内加尔已计划在东部坦巴昆达地区种植115公顷可提炼生物柴油的麻风树，然后向其他地区大面积推广。

在非洲大陆经济最发达的国家南非，政府宣布把发展生物燃料作为发展可再生能源的主攻方向。去年7月，南非开始建设非洲首家生物乙醇工厂，这一工厂预计今年年底可正式投产。此外，南非还计划建设7家类似的乙醇工厂。

撒哈拉以南非洲地区最大的石油生产国尼日利亚也不甘落后。2005年8月，巴西石油公司和尼日利亚国家石油公司就乙醇供应事宜达成协议，开启了两国在生物燃料领域的合作。根据协议，巴西石油公司将出资约2亿美元，在尼日利亚建设一家生物乙醇提炼厂以满足尼日利亚对乙醇的需求。在工厂投产之前，巴西石油公司将分期向尼日利亚出口生物乙醇。尼日利亚计划在巴西的技术支持下建设15家生物乙醇工厂，并在2010年前开始使用乙醇燃料汽车。

刚果（金）也已建立一个特别委员会，研究生产生物燃料的可能性。此外，斯威士兰、赞比亚和津巴布韦等非洲国家也正在进行利用麻风树生产生物柴油的尝试。

与此同时，尽管生物能源正得到越来越多的非洲国家的青睐，但在非洲开发生物能源也引发了很大的争议。西非经货联盟在最近的一份报告中指出，生物能源不是非洲能源问题的解决办法，生物能源也不能代替传统的石油燃料，而只是石油的补充。

联合国粮农组织也警告说，生物能源的迅速发展可能导致大量土地被用于种植某几种作物以生产生物燃料，从而给本已面临食品短缺的非洲带来更大的压力。