一、上网电价政策尚不满足大力发展生物质发电要求。国家为鼓励生物质发电事业，在2005年燃煤脱硫机组标杆电价的基础上，提出了加0.25元/千瓦时的电价补贴政策。但是，随着生物质发电产业由设想进入实践，在目前的价格体制下，生物质发电项目面临着投运即亏损的境地。

燃煤机组的标杆电价是在原有的煤电电价基础上，综合煤炭价格、运输距离等多种因素制定的。而生物质发电的燃料不是煤，相对于煤炭，生物质燃料具有品种多、季节性强、收储运环节多、物流管理链条长等特点。生物质发电的燃料成本与当地的农林生物质燃料市场、劳动力价格、农民生产生活习惯等有关。

目前，生物质发电定价模式不能正确引导生物质发电产业的均衡发展。由于不同省份或区域的标杆电价差别较大，而补贴电价采用固定补贴方式，客观上造成了区域生物质发电上网电价的差别。这样的价格机制，在某种程度上限制了一些地区发展生物质发电。比如，在新疆棉花产区秸秆资源丰富，种植结构适宜于发展大规模生物质发电项目，但是，由于当地的标杆电价太低，限制了生物质发电在当地的发展。

二、财政税收优惠政策出台相对滞后。《可再生能源法》明确指出要制定激励可再生能源发展的税收优惠政策和贷款优惠政策。国家通过资源综合利用等途径，给予了风电增值税减半征收，城市生活垃圾发电增值税即征即退的优惠政策。尽管国家明确规定，农林剩余物生物质发电应该享受财政税收等优惠政策，但是至今相关政策未出台。

三、有关补贴政策与实际发展存在不适应。根据《可再生能源法》规定要求，财政部设立了可再生能源发展专项资金，出台了《可再生能源发展专项资金暂行管理办法》，但如何申报资金、优惠政策幅度多少等没有明确提出。同时，该办法将风电、太阳能及海洋能发电作为重点补贴对象，而没有明确将具有多种社会效益的农林生物质发电列为补贴范畴。