克服了技术和市场方面的诸多困难之后，燃料电池动力概念车已具雏形，而高成本仍然是实现产业化的最大障碍，这个障碍恐怕还要花很多年才能跨越。

　　在燃料电池方面，目前的研究工作仍然需要解决好以下一些问题。

　　降低成本。目前，燃料电池动力系统的制造成本仍然是很昂贵的，比电化学电池电动车或混合动力车还要贵。要达到一辆标准的中级轿车的动力水平，一套燃料电池系统要能提供60～90kW的动力。当年燃料电池首次在航天技术中使用时，PEM（质子交换膜）燃料电池的成本是50万美元/kW。现在成本已降到了500美元/kW，这意味着燃料电池电动机的价格为25000美元，这是传统内燃发动机成本（大约3500美元）的7倍左右。

　　燃料供给系统。燃料电池技术的一个难点是燃料的选择和储藏。为车辆持续提供氢仍然是个问题。直接使用氢，汽车需要装载储藏易燃气体的压力瓶。氢也可以以液态储藏，但必须是低温储藏。这使汽车的构造更复杂、重量更大。而且，比压缩氢技术本身更大的问题是压力容器的安全性问题。

　　在汽车维修和养护中心设置加氢泵，氢燃料源可以是加氢泵旁边的储氢罐，或者用水制取氢气的小型电解工厂。这个方案可以免去在汽车上装载体积庞大的燃料电池系统。它还避免了燃料重整过程中二氧化碳和其他温室气体的产生。

　　但要建立加氢站网络，需要花十年甚至更多的时间，汽油重整。如果车上用的氢气是从车上的汽油中提取，改用燃料电池系统就简单多了，那样，现存的加油站设施就不用进行大的改动了。但是在行驶途中制取氢气有很多困难。重整反应发生的温度是850～1000℃，要达到这一温度,需要一定的预热时间，这使得汽车启动速度很慢。另一个尚未解决的问题是，在目前的燃油品质下，如何避免催化剂因硫而中毒。

　　低温启动。凝固性是燃料电池的一个弱点。当汽车停驶之后，电池中会生成水。如果没有能量去除水分，低温下形成的冰晶会损伤聚合物薄膜。此外，燃料系统在0℃以下无法发电，汽车在冬季使用条件下，最大的问题是如何使燃料堆在-20～-40℃的温度下浸泡了一夜之后迅速恢复活性。